Altatásban végzett gyomortükrözés előtt a beteg egyik alkari vénájába apró műanyag kanült (Branül) helyeznek, melyen keresztül a vénás altatószer beadható.

A beteg ezután felfekszik a vizsgálóasztalra bal oldalfekvő helyzetbe, majd egy műanyag karikát kap a szájába, amire rá kell harapnia, és az egész vizsgálat során tartania kell. Ez az endoszkóp védelmét biztosítja. Beadják az altatószert, aminek hatására a beteg normális alvás állapotába kerül.

A gyomortükrözés kezdetekor az endoszkópot a fogak között tartott műanyag karikán keresztül, a nyelv és a szájpadlás közötti részen a szájüregbe vezeti az orvos. Miután az eszköz a garathoz ért, az orvos apró mozdulattal a nyelőcsőbe juttatja. A nyelőcsövet és a gyomrot levegővel fújják fel. A beteg az ilyenkor jelentkező puffadást, kellemetlenséget altatás alatt nem éli át.

A vizsgálat vége felé az orvos a gastroscopon keresztül leszívja a befújt levegő nagy részét. A vizsgálat után az endoszkópot kihúzza az orvos, majd eltávolítják a műanyag eszközvédő karikát is. Az altatószer adagolásának abbahagyása után a beteg felügyelet mellett hamar (1-2 percen belül) felébred.