Gyomorfekély esetén jellemző az étkezést követő tompa, nyomó felhasi fájdalom, amely a hátba balra sugározhat.

A gyomor kiürülésével a fájdalom enyhül. Gyakran kíséri hányinger, ételhányás. Mivel a beteg fél az étkezéstől, gyakori jelenség a fogyás. Emésztési rendellenességre (azaz dyspepsiára) utaló tünetek gyakorta kísérik: korai jóllakottságérzés, teltségérzés, puffadás.

Nyombélfekély esetén inkább éhségfájdalom jelentkezik. A fájdalom éles, égő jellegű, a felhasban és a jobb bordaív alatt jelentkezik. Étkezés hatására átmenetileg enyhül, majd a gyomor kiürülését követően újra jelentkezik. A beteg az éhezést nehezen tűri. Gyakori a savhányás, ugyanakkor a dyspepsiás tünetek megjelenése ritkább.

Mindkét betegség esetén indokolt a gyomortükrözés, és ezzel egyidejűleg szövettani mintavétel elvégzése. Gyomorfekély esetén nem elég az első vizsgálat, kontrollvizsgálatra is szükség van (6 héttel, és bizonyos esetekben 3 hónappal az első vizsgálat után).