Az emésztőrendszer vizsgálata történhet altatásban is.

Az altatás azonban nem a hétköznapi értelemben vett műtéti mély altatást jelenti, nem altatógázzal végzik, nem történik intubálás (eszközös légútbiztosítás) sem.

Az endoszkópos vizsgálatok során alkalmazott intravénás altatásról lehet beszélni. Az altatószer beadása intravénásan történik. Az alkalmazott gyógyszer adagolásától függően mély alvás addig tartható fent, amíg a vizsgálat tart.

A gyomortükrözés esetén a bódítást legtöbbször midazolam intravénás adásával végzik (központjainkban bódítást nem alkalmazunk, intravénás narkózist [altatást] végzünk propofol alkalmazásával). Ilyenkor a beteg nem szorong, nem érez semmit.

Vastagbéltükrözés során szintén propofol alkalmazásával végezzük az intravénás altatást. Ez utóbbi hatására a beteg felületes álomba zuhan. A bódultságtól eltérően itt már nem ébreszthető. Fontos megjegyezni, hogy a szer elsősorban a tudatállapotot módosítja; szükség szerint valamilyen fájdalomcsillapítóval (pl.: fentanyl, dolargan) is kombinálni szokták.

Az endoszkópos vizsgálatok során alkalmazott intravénás altatás előnye, hogy a beteg a vizsgálat után gyorsabban ébred, hamar tiszta tudatúvá válik.